大量的研究表明癌症都是各种环境因素对具有不同遗传素质的个体长期反复作用的结果。前面已经述及食道癌患者中有癌家族史的比例显著高于对照组,提示食道癌发病存在遗传倾向,遗传因素可能是发病的一个重要危险因子。随着分子生物学和分子遗传学的发展,众多证据表明正常细胞的恶性转化要涉及遗传物质结构和调节控制方面的改变,从上一代遗传下去的并非是肿瘤本身,而是对肿瘤的易感性。这种肿瘤易感性的本质可能是患者体内DNA结构异常或复制、转录、表达错误引起,或是与致癌物质活化,无害化所需酶活力减弱或丧失有关,也可能是先天性或后天获得性染色体畸变或某些免疫遗传缺陷的结果。有人观察到高发家族成员的染色体畸变率显著高于对照组。实验表明高发家族成员淋巴细胞更易发生姊妹染色体互换(SCE),并且在其染色体上已发现了可能的特有脆性部位,如1p13-p36和4q21-q31等,这些位点在食道癌发生中可能起某些重要的协同作用。已有研究发现,食道癌的家族易感性与家族性免疫缺陷有关,有癌家族史的食道癌患者及其亲属,某些免疫功能明显低于无癌家族的对照组,而且患者与其亲属多有类似的免疫功能缺陷。至于这种免疫功能紊乱是遗传抑或是环境因素所致,尚有待进一步研究。